ISTI ha numerose collaborazioni attive con istituzioni, istituti di ricerca e università, sia a livello nazionale che internazionale. Riconoscendo l’impatto fondamentale delle azioni di formazione nel consolidamento della società dell’informazione e nella disseminazione di metodologie e tecnologie sviluppate da ISTI, l’istituto investe notevoli risorse sia nella formazione di studenti e giovani ricercatori, che nelle attività didattiche sviluppate in collaborazione con molte sedi universitarie tra cui, anche per ragioni di prossimità e di solidità del rapporto di collaborazione, si citano le tre università pisane: Università di Pisa (Dip. di Informatica e Dip. di Ingegneria dell’Informazione), Scuola Normale Superiore, Scuola Superiore Sant'Anna.